Dass du möglichst viel selbst machen möchtest, finde ich eine gute Idee
Gerade 3D-Kram kann aber sehr anspruchsvoll werden, deshalb ist die Verwendung von OpenGL angemessen. Damit du trotzdem weißt, was OpenGL eigentlich mit deinen Anfragen macht, würde ich dir empfehlen, mal ein einfaches 3D-Projekt selbst zu machen, bevor du OpenGL benutzt.
Ich habe dazu beispielsweise mal einen sich drehenden Würfel unter ausschließlicher Verwendung von Graphics (nicht Graphics2D, das nimmt zu viel Arbeit ab!) geschrieben, genaugenommen habe ich nur eine Methode zum Zeichnen eines einzelnen Pixels benutzt und den Rest selbst gemacht. Schon für so ein einfaches Beispiel braucht man recht viel:
* Algorithmus zum Zeichnen einer Strecke
* Rotationsmatrizen
* Koordinaten-Transformationen
* Projektion des 3D-Raums in die 2D-Ebene
Wenn man das einmal geschafft hat, fühlt man sich in OpenGL viel wohler, weil man weiß, was im Hintergrund passiert. Zum eigentlichen Lernen von OpenGL habe ich dann diese Tutorials benutzt:
NeHe Productions - Everything OpenGL ("Legacy Lessons" auf der Seite). Mittlerweile ist die OpenGL-Version davon nicht mehr aktuell, aber die Beispiele funktionieren trotzdem noch. Ich halte die für den Einstieg sinnvoll, weil die neuere OpenGL-API schwieriger ist und auf der alten basiert.