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[Joker187]

Hallo zusammen, Ich habe da ein Problem mit Java und zwar möchte ich für die Bioinformatik Leseraster erstellen von DNA Sequenzen zb TGATCGTAC 1. Leseraster ist TGA-TCG-TAC das 2. Leseraster ist GAT-CGT-AC und das dritte ist dann ATC-GTA-C und dann gibt es noch das 4. Leseraster das von hinten anfängt zu zählen,wir haben im unterricht schonmal soetwas ähnliches gemacht das wenn ich eine Sequenz eingeb das mir Java Die Sequenz rückwärts ausspuckt....aber ich verstehe nicht welches der Befehl dafür ist damit es tut

   String sequenz;
   String triplet;
   int position;
   int zaehler;
   int laenge;
   String position2;
   String base,baserepliziert;
   baserepliziert="";
   base=tf_sequenz.getText();
   laenge=base.length();


   for (position=0;position<=laenge-3;position++ )
   { triplet="";
    for (zaehler=0;zaehler<3;zaehler++ )
    { triplet=triplet+base.charAt(position+zaehler);

      // ta_triplet.appendtriplet+"\n";
      if (triplet.equals("ATG"))
      { position2=String.valueOf(position+1);
      ta_triplet.append("Startcodon fu"+position2+"\n");
      

      

      }
      if (triplet.equals("TAG"))
      {
      position2=String.valueOf(position+1);
      ta_triplet.append("Stopcodon fu"+position2+"\n");
      
      baserepliziert=baserepliziert+triplet;
      }
      ta_triplet.setText(baserepliziert);
    }

so schaut mein Script? aus das ich geschrieben habe, das programm tut auch aber es zählt von vorne und nicht von hinten.
Würde mich freuen wenn jemand die Antwort dazu wüsste =)

Zu sagen ist noch das wir bis jz nur mit For und If nur gearbeitet haben und ein paar befehlen...

 

[pro2]

Ich versteh deine Beschreibung nicht so ganz.. willst du, dass der String einfach umgedreht wird? Das ginge so:

String s1 = "hallo";
String s2 = new StringBuilder(s1).reverse().toString();

Außer natürlich du musst das ganze selber implementieren.

 

[bygones]

was ist genau die Aufgabe nun ?

um die ORFs anzuzeigen kannst du ja auch einfach ueber deine Sequenz iterieren nur eben mit 0,1,2 jeweils als Startposition. Damit kannst du dann ja auch die Codons formatieren wenn du willst (da du was von TGA-TCG-TAC schreibst).

achja - es gibt noch n paar mehr stopcodons

 

[Joker187]

Ja das es Stopcodons gibt weiß ich habe das auch im Unterricht ausfürhrlicher gemacht...wollte jetzt aber versuchen Start und Stopcodons zu finden wenn es rückwärtsgelesen wird also das 4. leseraster von hinten anfängt sowie das 1. leseraster vorne anfängt bei der Sequenz.
Und mit den Startposition 0,1,2 kann ich ja nur nach vorne arbeiten,aber nicht rückwärts weil ich ja nicht weiß wie lang meine sequenz ist,ob 10basen oder 20basen.
Das mit dem new StringBuilder(s1).reverse().toString(); hatten wir nie im Unterricht,das sagt mir garnichts :/

 

[pro2]

Wenn du deine Sequenz in einem String hast, dann kannst du einfach die Funktion

.length();

benutzen um die Länge zu kriegen.
String (Java Platform SE 7 ))

Das braucht man ja auch nicht im Unterricht gehabt haben, die Funktion gibts einfach und man kann sie nutzen. Da musst dich nur ein bisschen mit der API und oder Google auskennen