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Das ist doch bestimmt das gleiche Problem bei dem Du die Ursache nicht gefunden hast. Da irgendwas in einem eigenen Thread zu machen löst ein Problem bezüglich Sichtbarkeit in der Regel nicht. Da wird somit vermutlich nur kein WM_PAINT Event angefordert worden sein. Bei einer Größenänderung des Fensters wird aber immer ein WM_PAINT erzeugt, so dass ggf. das Problem da dann erst auftritt.
Aber das sind Vermutungen - denn wir haben schlicht nicht genauere Informationen.
Du musst uns wirklich genaue Details sagen, was Du genau machst. Ohne die ganz genauen Informationen können wir Dir nur sagen, dass Du da entweder was falsch machst oder da irgendwo ein Fehler ist (letzteres ist aber sehr unwahrscheinlich, wobei sowas bei BlueJ schon eher möglich sein könnte. Aber es ist deutlich wahrscheinlicher, dass Du einfach irgend etwas falsch machst mit eben genau diesem Nebeneffekt.)