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Überhaupt würde ich Dir empfehlen, bei solch betriebssystemspezifischen Dingen auf vorhandene Software zurückzugreifen (und es gibt garantiert auch schon Installer in reinem Java, wenn das gewünscht wird).
Auch Links kann man laut einer kurzen Googelei meinerseits nur per exec()-Aufrufen ans Betriebssystem oder JNI erstellen.
Du wirst dabei Probleme bekommen, da Dein Programm mit Administrator-Rechten laufen müsste, damit Du (unter Windows; spätestens seit Vista) in dieses Verzeichnis schreiben darfst. Besser ist es, die Einträge vom Installer aus (z. B. NSIS) zu erstellen. Dort ist es leichter, Administratorrechte anzufordern. Das Anwendungsprogramm sollte besser mit normalen Rechten laufen.