Nach regulären Ausdrücken suchen

[BioInfoNerd]

Hi! Ich habe die Aufgabe, in mehreren Files nach bestimmten Mustern zu suchen...z.Bsp. G[A-Z]{2}G.
Die einfache Suche ( bloßes Auftreten) nach meinen 50 Mustern habe ich schon einmal programmiert, doch dieses Mal soll geprüft werden, ob ein Muster vorkommt, wenn bereits ein anderes gefunden wurde...Das Ziel wäre später eine 50x50 Matrix anhand derer man ablesen kann, ob Muster 1 und Muster 2 zusammen in den Files vorkommen und wie oft.
Und im Moment fällt mir nur eine elendlange Liste von while/if (m1.find() && mX.find())- Befehlen ein, was aber eine ganze Menge wären...
Daher meine Frage, ob Ihr wisst, wie man so etwas ohne großen Aufwand programmieren könnte...Pseudocode wäre schon ausreichend, Vorschläge für Perl wären auch in Ordnung.

 

[AquaBall]

Und im Moment fällt mir nur eine elendlange Liste von while/if (m1.find() && mX.find())- Befehlen ein
...
Pseudocode wäre schon ausreichend

Mach ein Array, dann brauchst du keine langen ifs, sondern eine doppelte Schleife, und kannst jederzeit erweitern.

suchstrings[] = { "abc", "xyz", "dies|das" }
for (vorgabe: Suchstrings) {
  for (suche: Suchstrings) {
    if existiertInFile(vorgabe){
      position = existiertInFile(suche)
      position registrieren in deiner Matrix
    }
  }
}

 

[BioInfoNerd]

Vielen Dank für die schnelle Antwort^^
Ich werds mal so versuchen, aber wahrscheinlich erst Morgen, da jetzt keine Zeit mehr.

 

[BioInfoNerd]

Hmm, die Position suche ich nicht primär oder missverstehe ich dich?....Es soll einfach gesucht werden, welche Motivpaare in einem File vorkommen...Kommt eine Paarung vor, soll der jeweilige Zähler +1 gesetzt werden. Habe schon an doppelte Schleifen gedacht, jedoch weiß ich nicht genau, wie ich diese aufbauen soll, dass für jedes Muster überprüft wird, ob es vorkommt und wenn ja, welches andere Muster ebenfalls vorkommt.Die Idee mit dem Array ist gut, obwohl ich damit noch nicht viel Erfahrung habe.

Was genau meinst Du mit vorgabe und suche?

 

[AquaBall]

Hmm, die Position suche ich nicht primär oder missverstehe ich dich?

Dann brauchst du nicht die Position beachten, sondern nur die Existenz.
oder die Anzahl um 1 erhöhen.

weiß ich nicht genau, wie ich diese aufbauen soll, dass für jedes Muster überprüft wird, ob es vorkommt und wenn ja, welches andere Muster ebenfalls vorkommt.
...
Was genau meinst Du mit vorgabe und suche?

Frage und Antwort hast du dir selbst gegeben.
Vorgabe ist der Erste String dn du suchst.
Suche ist der zweite.

suchstrings[] = { "abc", "xyz", "dies|das" }
for (string1: Suchstrings) {
  for (string2: Suchstrings) {
    if existiertInFile(string1) && existiertInFile(string1) && (string1!=string2){
      paarung = true
      paarung registrieren in deiner Matrix
    }
  }
}

Nachdem du nur Pseudocode wolltest, müsste das als Anleitung reichen.

 

[BioInfoNerd]

Ja, das reicht mir völlig^^. Mal schauen, welche Paarungen sich bei meinen 50 Mustern ergeben...

 

[BioInfoNerd]

Problem ist fast gelöst^^. Sry, bin manchmal bischen schwer von Begriff. Das Suchen nach den Paaren funktioniert, jedoch habe ich noch Probleme mit der Matrix.

String[] stringArray = {Eins, "Zwei", "Drei"};	
				int anzahl[][]=new int[50][50];
		
				for (int i = 0; i < stringArray.length; i++)
				 {	
					String element = stringArray[i];
					for (int j = 0; j < stringArray.length; j++)
					{
						String element2 = stringArray[j];				 				
							if (zeile.contains(element))
							{
								if (zeile.contains(element2)&& zeile.contains(element)&& element !=element2)
								{
									System.out.println(element+element2);																					 
									anzahl[i][j]++;
								}	
							}

Ich habe also ein Array mit den Suchstrings und ein Array, in dem ich gern die Anzahl der gefundenen Paarungen speichern möchte ( können ja mehrmals auftreten). Wie jedoch sage ich das dem Array genau? Der Befehl anzahl[j]++; scheint nicht ganz zu funktionieren.
Letztendlich möchte ich die Matrix dann auch als .csv ausgeben, um damit zu arbeiten.

 

[Templarthelast]

Ich weiß nicht was du mit

anzahl[i][j]++

bezwecken willst.

HowTo Data into csv file

 

[BioInfoNerd]

Ich auch nicht wirklich...ist mehr so pseudocodemäßig^^.
Ich möchte, dass der entsprechende Wert im anzahl-Array +1 gesetzt wird, wenn eine Paarung gefunden wurde. Also wenn Paarung i,j gefunden, dann entsprechendes Feld im anzahl-Array +1.

 

[AquaBall]

Der Befehl anzahl[j]++; scheint nicht ganz zu funktionieren.

Weil

anzahl[i][j]

ja noch keinen Wert hat (=null). (Sagt dir auch die IDE, falls du mit Eclipse arbeitest.)
Musst du vorher mit '0' belegen.

Außerdem kannst du die Schleifen viel eleganter machen:

for (String element:stringArray) {  /// ... wird für jedes Element aus stringArray durchlaufen.

... ist eine gültige und funktionierende Schliefe in Java!

 

[BioInfoNerd]

Die Schleifen sind so natürlich eleganter...Doch wie weise ich den Paarungen nun bestimmte Zellen in dem Array anzahl zu? Bräuchte man ja trotzdem noch andere Indizes....

String[] stringArray = {Eins, "Zwei", "Drei"};	
				int anzahl[][]=new int[50][50];
				 for(int i=0; i<anzahl.length;i++){
			            for(int j=0; j<anzahl.length; j++){
			                anzahl[i][j]=0;
			                        
			            }
			        }
			 
				for (String element:stringArray)
				 {	
					for (String element2:stringArray)
					{				 																
						if (zeile.contains(element))
							{
								if (zeile.contains(element2)&& zeile.contains(element)&& element !=element2)
								{
									System.out.println(element+element2);		
                                                 //hier müsste ja die Zuweisung erfolgen, welche Zelle im Array hochgezählt werden soll

 

[BioInfoNerd]

Hab mich jetzt mal wieder kurz damit beschäftigt...Das Array anzahl wird automatisch mit Nullen gefüllt..ich arbeite übrigens mit Eclipse. Dieser Teil ist also unnötig:

for(int i=0; i<anzahl.length;i++){
                        for(int j=0; j<anzahl.length; j++){
                            anzahl[i][j]=0;
                                    
                        }
                    }

Das Problem mit der Zuweisung besteht immer noch und ich habe noch ein weiteres Problemchen.
Es ist notwendig, dass ich neben den gefundenen Paarungen auch noch die Zeile ausgebe, in der sie gefunden wurden...bloß für die beiden Muster getrennt.

int z=0;
			int y=0;
			while ((zeile = reader.readLine()) != null )
			{
				z++;
				while ((zeile1 = reader1.readLine()) != null )
				{
				y++;				
				String[] stringArray = {Eins, "Zwei", "Drei"};	
								
				int anzahl[][]=new int[50][50];	  
				
				for (String element:stringArray)
				 {	  
					for (String element2:stringArray)
					{	  
				       		if (zeile.contains(element))
							{	
							       if (zeile1.contains(element2)&& element !=element2)
								{
									System.out.println(element+element2+z+" "+y);

Das Problem ist, dass nur geschaut wird, welche Muster kommen in der ersten Zeile vor und welche Partner haben sie, was jedoch über alle Zeilen funktioniert.
So ein Ergebnis ist z. Bsp.:
GHLFGDrei1 1
DreiGHLFG1 1
GHLFGZwei1 2
GHLFGDrei1 2
DreiZwei1 2
Der erste Ausdruck kommt immer aus der ersten Zeile, der dazugehörige kann in allen Zeilen auftreten.

 

[AquaBall]

Dieser Teil ist also unnötig:

for(int i=0; i<anzahl.length;i++)
   for(int j=0; j<anzahl.length; j++)
      anzahl[i][j]=0;

Das Problem mit der Zuweisung besteht immer noch.

Ich halte das nicht für unnötig.

int i;
i++;

wird nicht funktionieren, weil i nicht initialisiert ist!

Wenn du also die Werte von anzahl[][] vorbelegst, und dann mit

anzahl[x][y]++;

berechnest (was du inzwischen wieder rausgeschmissen hast), hast du im Array nach der Auswertung überall die Anzahl drin.

und ich habe noch ein weiteres Problemchen.
Es ist notwendig, dass ich neben den gefundenen Paarungen auch noch die Zeile ausgebe, in der sie gefunden wurden...bloß für die beiden Muster getrennt.

So ganz versteh ich die Frage jetzt nicht mehr.
Wenn du jetzt aber Zeilen ins Spiel bringst, und doch eine Position haben willst, und die Ausgabe nicht auf Basis des Arrays, sondern an der FileListe, dann wirds halt ein Stück komplexer, (aber nicht komlizierter). Ursprünglich wolltest du nur wissen,

ob Muster 1 und Muster 2 zusammen in den Files vorkommen

.
Ich glaube aber, dass du jetzt genügend Hilfe hast, um dich schrittweise der Lösung zu nähern.
Viel Glück.

 

[BioInfoNerd]

Also ich versuchs nochmal genau zu erklären.
Ich möchte zum einen die Matrix erstellen in der die Anzahl des Auftretens der Paarungen gezählt wird.

Zum anderen möchte ich die Ausprägungen der Muster in einem Textfile speichern mit der Zusatzinformation, in welcher Zeile sie jeweils gefunden wurden.

Und hier habe ich das Problem, dass nach der Suche in der ersten Zeile abgebrochen wird.

int z=0;
			int y=0;
			while ((zeile = reader.readLine()) != null )
			{	
				z++;
				while ((zeile1 = reader1.readLine()) != null )
				{	
					y++;
					Matcher m1 = Muster1.matcher(zeile);
					while (m1.find()) 
					{ 	
						String Eins= m1.group(0);
						String[] stringArray = {Eins, "Zwei", "Drei"};	
								
						int anzahl[][]=new int[50][50];	  
						for(int i=0; i<anzahl.length;i++)
						for(int j=0; j<anzahl.length; j++)
							anzahl[i][j]=0;
						for (int i = 0; i < stringArray.length; i++)
						{  
							String element = stringArray[i];
							for (int j = 0; j < stringArray.length; j++)
							{
								String element2 = stringArray[j];	  				       			 																
								if (zeile.contains(element))
								{								
									if (zeile1.contains(element2)&& element !=element2)
									{	
									
										System.out.println(element+element2+" "+z+" "+y+"\r\n"); 
										//wird dann in .txt geschrieben...
										anzahl[i][j]++;
									}	
								}	
								System.out.print(anzahl[i][j] + "\r\n"); //soll der Überprüfung dienen

 

[BioInfoNerd]

Die letzten Tage war ich unterwegs, jetzt bin ich wieder am arbeiten....Keiner mehr Lust,mir zu helfen?