Wenn nur einzelne Wörter eingefärbt sein sollen, dann such mal nach "StyledDocument". Im Forum oder über google sollte da sicher das ein oder andere Beispiel zu finden sein.
(Kurzabriss: StyledDocument erstellen, mit "setDocument" beim JTextPane setzen, dann Strings in das Document einfügen. Das Document kann "Styles" herstellen, und mit "StyleConstants" kann man diese Styles verändern: Farben, Fett, Kursiv, ...)