Nur auf dem jeweiligen Rechner - das ist eine lokale Einstellung vom Windows-Explorer/Konquerer/Nautilus/what-ever, keine Eigenschaft von der jar-Datei
Das ginge, zwar nicht für das Jar-File selbst, aber du kannst bspw. mit Jestart von Xenoage eine Starter-Exe erzeugen, der du dann ein Icon zuweisen kannst.
Siehe dazu auch FAQ.