Ich habe soetwas für Minecraft auch mal gemacht. Bin dabei den von ARadauer beschriebenen Weg gegangen: Einen Prozess aus meiner Java-Anwendung gestartet (sozusagen den Minecraft Serverstart gewrapt), per Inputstream Befehle gesendet und den Outputstream ausgewertet.
Ich wollte damals eine Chatfunktion per Website mit Minecraft entwickeln. Aufgefallen war mir, dass nicht alles auf dem Outputstream ankommt was ich haben wollte, sondern viel Output auch auf dem Errorstream landet (nur als Hinweis). Im Endeffekt habe ich die Entwicklung eingestellt, weil die Möglichkeiten nur über Konsole bezüglich Serversteuerung halt sehr begrenzt sind.
Was für dich interessant sein könnte ist Craftbukkit. Einfach mal googlen. Damit kannst du Plugins in Java für Minecraft schreiben.