Die jogl.jar und gluegen-rt.jar, die ich in meiner Programm .jar Datei habe?
Ich hatte einfach die gluegen-rt und jogl entpakt und die Ordner com,javax usw. in meine .jar reingeladen.
Jein, Du musst zum einem die Klassen aus den beiden JARs mitliefern (ist egal ob als externe JARs oder entpackt in einer großen JAR (JoGL ist BSD insofern passt das)).
Zum anderen musst Du noch die nativen Bibliotheken mitliefern. Das sind die gluegen-rt.dll, jogl_awt.dll, jogl_cg.dll, jogl.dll (bzw. die Linux .so Varianten davon)(und ja, auch in der jeweiligen 32/64 Bit Version). Das dumme ist, die können nicht direkt aus dem JAR heraus geladen werden.
Den Pfad zu diesen nativen Bibliotheken kannst Du entweder per Kommandozeile setzen (-Djava.library.path=blub), dann lädt JoGL die selber. Oder dafür sorgen, dass die nativen Libs an einem bekannten Ort liegen und z.B. per System.load(filename) geladen werden (alle 4). (Per Manifest geht leider nicht)
Der Königsweg ist, zur Laufzeit festzustellen welche Java Version (32/64Bit) auf welchen OS(Linux/Windows) läuft, die nativen Bibliotheken in das temporäre Verzeichnis zu entpacken (aus dem JAR heraus) und per System.load() zu laden. Dann musst Du nichts Externes mitliefern und das JAR kann direkt per Mausklick gestartet werden.
Muss jeder Benutzer jetzt extra gluegen runterladen und installieren, oder wie meinst du das jetzt?
(Ich Antworte einfach mal

)
Nein und wenn doch, nicht in die JRE! Das gibt Schwierigkeiten wenn JoGL Anwendungen per Applet oder per Webstart geladen werden sollen, da dann unter Umständen die falschen Klassen / Natives geladen werden.
(Ja, ich weis das das in einigen Tutorials so steht, aber falsch ist es trotzdem

)
Gruß,
Fancy