Exception in thread "main" java.lang.NoClassDefFou

[paidopoieo]

Hi,
Ich bekomme beim Ausfuehren meines Problems folgende Fehlermeldung :

Exception in thread "main" java.lang.NoClassDefFoundError: WSMPsrchClient.java
   at gnu.java.lang.MainThread.run() (/usr/lib/libgcj.so.6.0.0)
Caused by: java.lang.ClassNotFoundException: WSMPsrchClient.java not found in gn u.gcj.runtime.SystemClassLoader{urls=[file:./], parent=gnu.gcj.runtime.Extension ClassLoader{urls=[], parent=null}}
   at java.net.URLClassLoader.findClass(java.lang.String) (/usr/lib/libgcj.so.6. 0.0)
   at java.lang.ClassLoader.loadClass(java.lang.String, boolean) (/usr/lib/libgc j.so.6.0.0)
   at java.lang.ClassLoader.loadClass(java.lang.String) (/usr/lib/libgcj.so.6.0. 0)
   at java.lang.Class.forName(java.lang.String, boolean, java.lang.ClassLoader) (/usr/lib/libgcj.so.6.0.0)
   at gnu.java.lang.MainThread.run() (/usr/lib/libgcj.so.6.0.0)

Ich weiss, das hier etwas mit dem Classpath nicht stimmt....nur kann ich diese Fehlermeldung nicht wirklich interpretieren.....hab leider nicht soviel Erfahrung in Java......

Betriebssystem: Fedora 9 Core 4
JDK: Eclipse 3.1

Dankeschoen fuer eure Hilfe

mfg
Hubert

 

[Lim_Dul]

Du scheinst dein Programm mit dem gnu java Compiler auszuführen, der nicht alles unterstützt.

Installier dir mal das jdk von Sun.

 

[paidopoieo]

Hi Lim_Dui

hab mir jetzt jdk-1.5.0_06 installiert, aber es aendert leider nichts an der Fehlermeldung.....bekomm noch immer diesselbe Meldung....

und das etwas mit meinem Classpath nicht stimmt, ist das moeglich.....

mfg
Hubert

 

[L-ectron-X]

Suche mal nach WSMPsrchClient.java auf deinem System.
Gibts davon eine .class-Datei?

 

[paidopoieo]

Hallo L-ectron-X

ja, das dazugehoerige .class file ist im Projektverzeichnis vorhanden...

mfg

 

[paidopoieo]

Mom.....ich sollte vielleicht dazu sagen, das das Programm, wenn ich es in Eclipse kompiliere und ausfuhre, ja auch funktioniert.......
Die Ausgabe ist folgende auf der Console:

Use: java WSMPsrchClient [options] --email [email]your@email.com[/email] --program PROGNAME --database DBNAME --sequence file
     java WSMPsrchClient [options] --email [email]your@email.com[/email] --program PROGNAME --database DBNAME --sequence db:entry_id

 [ options ] 

 --sequence : path to a sequence file
 --annotation : score | rank
 --sort : score | rank
 --status : poll for the status of an asynchronous job
 --matrix : BLOSUM50,BLOSUM62,BLOSUM70,BLOSUM100
 --gapextend : (for mpsrch_ppa) default 5
 --jobid : Jobid at EBI queue system
 --pam : default 100
 --polljob : poll for the status of an asynchronous job and get the results
 --help : help on using this client
 --email : Your email address
 --outfile : file name to save the results
 --program : name of the program to use: mpscrh_pp or mpscrh_ppa
 --gapopen :  (for mpsrch_ppa) default 28
 --gap : (for mpsrch_pp) default 14
 --async : perform an asynchronous job
 --database : Database for the search:uniprot/uniref100/uniref90/uniref50/uniparc/swissprot/pdb
 --ebifile : tool:jobid:filetype from previous results
 --dbfetch : db:id input for dbfetch
 --alignments : 0-100 default 20

 [ General options ]

 --help    :         : prints this help text
 --async   :         : forces to make an asynchronous query
 --status  :         : poll for the status of a job
 --polljob :         : poll for the results of a job
 --jobid   : string  : jobid that was returned when an asynchronous job was submitted.
 --outfile : string  : name of the file results should be written to (default is jobid)
 --jobid   : string  : jobid that was returned when an asynchronous job was submitted.

 Synchronous job:
  The results/errors are returned as soon as the job is finished.
  Usage: java WSMPsrchClient [options] --program PROGNAME --database DBNAME --sequence file [--outfile string]
  Returns : saves the results to disk

 Asynchronous job:
  Use this if you want to retrieve the results at a later time. The results are stored for up to 24 hours. 
  The asynchronous submission mode is recommended when users are submitting batch jobs or large database searches
  Use: java WSMPsrchClient [options] --program PROGNAME --database DBNAME --sequence file --async
  Returns : jobid

  Use the jobid to query for the status of the job. 
  Use: java WSMPsrchClient --status --jobid string
  Returns : string indicating the status of the job (DONE, RUNNING, NOT_FOUND, ERROR).

  When done, WSMPsrchClient --polljob --jobid string [--outfile string]

 [ Output files ]

  .txt	 	: Program output
  .xml		: XML output

  [ help ]
    For more detailed help information refer to [url]http://www.ebi.ac.uk/MPsrch/MPsrch_help.html[/url]

anschliessend probier ich das Programm auf der Commandline mit den in der ersten Zeile erwaehnten Parametern aufzurufen....wenn ich
das mache, dann bekomm ich die im ersten Posting gepostete Fehlermeldung.......

Sorry, meine Schuld, haette ich gleich erwaehnen sollen....

mfg
Hubert[/list]

 

[Lim_Dul]

Wahrscheinlich führst du es immer noch mit dem gcj aus

Versuch es mal explizit mit dem Pfad zur java bin Datei zu starten

 

[paidopoieo]

Hi Lim_Dui,

ich hab das jetzt gemacht, wie du gesagt hast...hoffentlich richtig :wink:

und bekomme folgende Fehlermeldung:

[Hubert@ppc65 EBI_WebService]$ /usr/java/jdk1.5.0_06/bin/java WSMPsrchClient.java /home/Hubert/Desktop/Permut.txt --email [email]hubert.prielinger@gmx.at[/email] --program mpscrh_pp database uniprot
Exception in thread "main" java.lang.NoClassDefFoundError: WSMPsrchClient/java
[Hubert@ppc65 EBI_WebService]$

ein bisschen kuerzer als die andere....*gg*

mfg
Hubert

 

[Roar]

schulz: http://www.java-forum.org/de/viewtopic.php?t=1527

 

[paidopoieo]

Hallo Roar,
danke fuer den link, der erste Punkt trifft nicht zu....die Klasse ist public

mit den weiteren Punkten kann ich nicht viel anfangen:

Die Classpath - Umgebungsvariable muss den Ordner der Klasse bzw. des Pakets enthalten.

was genau bedeutet das....der Projektordner heisst bei mir EBI_WebService, dort drinnen befinden sich java und class file und die noetigen jar files.....
aber wie setze ich die Umgebungsvariable.....

Wenn die Klasse in einem Paket ist, muss sie überden Paketnamen aufgerufen werden, z.B. java paket.Klasse
nein, die Klasse, die ich aufrufe befindet sich im default package....


Der Aufruf der Datei erfolgt ohne die Dateiendung ".class"
versteh ich da was nicht...., ich rufe doch das java file auf, oder nicht.....

mfg

 

[Roar]

min jung, du musst das program so aufrufen: java WSMPsrchClient blabla. genau wie du es aufgerufen hast als die parameter erklärung kam. was sollte der interpreter auch mit einer .java datei anfangen

 

[Guest]

Hi Roar,
Sorry, ich versteh nicht was du meinst....bin wohl zu bloed dafuer.....heisst das ich hab das program falsch aufgerufen...
wenn ja, was hab ich falsch gemacht.....

danke

mfg

 

[paidopoieo]

kein Gast....das war ich... :wink:

 

[Murray]

[Hubert@ppc65 EBI_WebService]$ /usr/java/jdk1.5.0_06/bin/java WSMPsrchClient.java

Dem Java-Interpreter wirft man kein Source-Files vor.. Lass das ".java" weg.

 

[paidopoieo]

Hallo murray,
dankeschoen, habs jetzt das java weggelassen...und bin ein bisschen weiter gekommen, denk ich... :wink:

diesesmal hab ich folgende Meldung bekommen:

Exception in thread "main" java.lang.NoClassDefFoundError: javax/xml/rpc/Service
        at java.lang.ClassLoader.defineClass1(Native Method)
        at java.lang.ClassLoader.defineClass(ClassLoader.java:620)
        at java.security.SecureClassLoader.defineClass(SecureClassLoader.java:124)
        at java.net.URLClassLoader.defineClass(URLClassLoader.java:260)
        at java.net.URLClassLoader.access$100(URLClassLoader.java:56)
        at java.net.URLClassLoader$1.run(URLClassLoader.java:195)
        at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method)
        at java.net.URLClassLoader.findClass(URLClassLoader.java:188)
        at java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:306)
        at sun.misc.Launcher$AppClassLoader.loadClass(Launcher.java:268)
        at java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:251)
        at java.lang.ClassLoader.loadClassInternal(ClassLoader.java:319)

mit dem kann ich leider auch nichts anfangen.....sorry

mfg

 

[Schumi]

Hallo, vielleicht hilft Dir das, hatte ein ähnliches Problem:

Bei mir sieht das so aus:
Dateien liegen in Workspace\Aufgabe5\aufgabe_5
sind im Package aufgabe_5
aus dem Verzeichnis aufgabe_5 gestartet bekomme ich die selben Fehler. Start aus dem überliegenden Verzeichnis also Aufgabe5 dann aber mit java aufgabe_5.filename funktioniert dann.