Also das mit den Problemen bei JavaFX sehe ich nicht so. Das sind alles "selbstgemachte" Probleme, weil man irgendwelchen Blog Beiträgen folgt und dann versucht, massiv mit Plugins vorran zu kommen. Gerade bei Eclipse kann man sich da wohl sehr viel zerhauen.
JavaFX mit einem Maven Projekt zu machen ist absolut unkritisch. Ich selbst habe dazu ein Rahmenprojekt gebaut, das man nutzen kann:
Simple JavaFX App with Maven. Contribute to kneitzel/JavaFXMavenApp development by creating an account on GitHub.
github.com
Ein Problem, in das man bei Java generell laufen kann, sind die Module. Wenn man eine Desktop Applikation haben möchte, die man ggf. auch weiter geben kann, dann ist da seit Java 9 der Weg über JLink der empfohlene Weg. Und da muss man sich mit Modulen beschäftigen und spätestens bei Laufzeit Abhängigkeiten (JDBC Treiber, Logging Implementationen, ...) sind die Abhängigkeiten oft noch ohne Modulbeschreibung. Das macht es etwas komplexer, wobei ich die Hoffnung habe, dass dies nun auch in der Enterprise Welt etwas mehr einziehen wird. (Jakarta EE 10 und Spring 6 unterstützen Module jetzt auch. Es gibt also Hoffnung, dass sich diese Probleme reduzieren werden!)
Ich selbst empfehle IntelliJ. Die achten da sehr darauf, dass vieles eben direkt "out of the box" funktioniert. Anders als Eclipse, wo die Zielgruppe der Experte (Eclipse Experte - nicht Software Entwicklungs Experte! Gerüchte besagen, dass Hochschulen überlegen, einen Studiengang Eclipse einzuführen ... das Problem ist aber wohl, dass das Thema einfach zu umfangreich ist und man es in den 6 Semestern eines Bachelor Studienganges einfach nicht unter kriegen kann ... Sorry, Eclipse Bashing in einem Beitrag, in dem Eclipse erwähnt wird, muss einfach sein!) ist.
Generell ist aber die Entwicklung von Desktop Anwendungen mit Java etwas, das sehr stark in Richtung totes Pferd geht. Das kann man machen, aber wirdklich zukunftsträchtig ist es nicht. Da wäre ggf. eine Browser basierte Lösung mit Java Backend deutlich zukunftsträchtiger ... Das aber nur so am Rande.