Dem TE geht es um die Steuerung anderer Applikationen aus einer Java Anwendung heraus - so habe ich zumindest seine früheren Threads in Erinnerung.
Generell ist es sehr schlecht, wenn neben einem Robot auch noch ein User gleichzeitig an einem Rechner arbeitet. Das schreit so oder so nach Problemen.
Aber das Problem mit der Zwischenablage lässt sich sehr gut minimieren:
- Du musst die ursprüngliche Zwischenablage erst einmal sichern.
- Dann setzt Du die Zwischenablage und fügst die ein, wo Du das möchtst.
- Dann setzt Du die Zwischenablage wieder zurück
Das geht so fix, dass die Wahrscheinlichkeit von Kollisionen nicht zu hoch ist. (Hängt natürlich auch davon ab wie oft das gemacht wird bzw. wie aktiv der User ist.)
Die direkte Steuerung einer Applikation geht aber auch. Das habe ich in der Vergangenheit schon gemacht, aber mit C# und nicht mit Java (und das war schon heftig genug. Da kommen dann auch so Spielereien wie Speicherschutz bei Prozessen ins Spiel!).
Da müsste man also schauen, was Du genau machen willst. Welche Applikation willst Du steuern? Ganz universell geht das nicht.
Wenn es eine native Applikation unter Windows ist, dann könnte man schauen, was man für Nachrichten an die Fenster schicken kann. Einfache Dinge gehen bestimmt per JNI - also Fenster finden und so.
Wenn es eine Web-Applikation ist, dann wäre ggf. denkbar, das innerhalb der Java Anwendung laufen zu lassen. Dann wäre es ggf. möglich, hier eigene JavaScripts laufen zu lassen, die die Modifikationen für Dich machen. Oder wenn es im Browser sein muss, dann könnte man schauen, ob man da mit UserScripts eine Schnittstelle schaffen kann. (Das wäre aber dann halt im Prinzip eine JavaScript Lösung und keine Java Lösung.)