Generell kann man auch unter Windows die gnu Tools verwenden. awk / sed sind schon recht gut - damit sollte es möglich sein, eine CSV Datei aufzusplitten, die Spalte, nach der sortiert werden soll an erste stelle zu packen, dann einfach über ein sort schicken und dann halt je nachdem was getan wurde einfach das, was zuerst getan wurde, rückgängig machen.
Ich selbst würde nicht umstrukturieren sondern nur das, wonach sortiert werden soll, an den Anfang stellen dann ein geeigneten Trenner und dann die restliche Zeile. Dann reicht am Ende ein einfaches sed "s/.*WasAuchImmerDerTrennerWar//"
Ansonsten ist bat und cmd unter windows ja schon lange out und statt dessen wird PowerShell benutzt. damit hätte man dann sogar alle Möglichkeiten des .Net Frameworks und könnte da entsprechende Libraries nutzen. Überlege gerade, ob mdac und Co neben Access und Excel auch csv unterstützen ... dann wäre es ggf. ein einfaches Select mit Output in eine CSV Datei ...
Das einfach nur mal so laut gedacht an Ideen und Möglichkeiten....