Wie gross war dein JSeperator? Wenn er die Grösse (0/0) hatte...
Richtige Argumente an den LayoutManager übergeben?
Oder setBounds aufgerufen, falls du ein null-Layout benutzt?
Ruf beim JSeperator gleich nach dem Initialisieren mal die Methode "JSeperator#setPreferredSize( [... etwas das grösser als 0/0 ist ... ] )" auf.