Ähm, ja sicher geht das.
Der erste Link beschreibt doch sehr gut wie es mit dem eigenen JarLoader funktioniert.
Wenn man möchte kann man das nachbauen, und wenns sein muss auch bei jedem neuen Programm wieder

Ein wirkliches "Tool" gibt es nicht.
FatJar macht ja nichts weiter, als das Ganze möglichst einfach in Eclipse zu integrieren. (war ja gefragt)
Genausogut geht es auch ohne Eclipse.
-- -- muckelzwerg