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Trotzdem geht php in der Standardkonfiguration (wenn man beim configure-Lauf nichts anderes angibt) über die lokale mysql.sock rein. Der Host wird als Parameter mit übergeben, das stimmt.
Deshalb kann man mit PHP auch dann zu mysql connecten, wenn der Daemon nicht auf dem Port lauscht, während ich bei Java noch nicht herausgefunden habe, wie das funktioniert.