So pauschal lässt sich da nichts sagen.
Die ersten zwei Fragen, die etwas zusammen hängen:
Wurde evtl. das Layout angepasst nachdem das Fenster angezeigt wurde (ohne repaint / revalidate Aufrufe)?
Ist der Fehler immer noch da, wenn das Fenster minimiert und dann wieder angezeigt wurde?
Ansonsten noch paar universelle Fragen:
Was wurde sonst alles gemacht? Speziell im Vergleich zu den anderen JComboBox Instanzen?
Hast Du evtl. speziellen Code, was das Rendern angeht? Auf was für Events reagierst Du so und was machst du darin?
Hast Du ggf. noch andere Threads, die auf die Controls zugreifen und da etwas machen?