Nein, soweit ich weiss, gibt es da nichts, ausser die Entwickler zu bitten, da etwas zu tun, z.B. eine alternative Version, oder ein Setting, mit dem man die Schriftgrösse anheben kann (wobei da andere Probleme draus resultieren könnten, wenn die Anwendung auf exact die angezeigte Grösse zugeschnitten ist - wenn da das Layouting der Anwendung nicht ordentlich gemacht wurde, wird es schnell knifflig).
#edit: Ein Hinweis, warum das so ist: Der Browser braucht ja ein Plugin und im Endeffekt wird ein Java-Fenster erzeugt, als ob du die Anwendung als normale Desktop-Anwendung laufen hast (auch wenn es hier einige erweiterte Einschränkungen durch den Browser und das Plugin/die JVM giebt). Lediglich die Position ist im Browser verankert, bestimmte Operationen (wie anscheinend der Zoom) werden einfach nicht an das Applet weitergegeben oder von dem anders gehandhabt.