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1. Du kannst Java-Applets schreiben, die in eine Webseite eingebunden werden können (ähnlich wie z.b. Flash). Applets werden von deinem Rechner ausgeführt, nicht vom Server.
2. Du kannst z.b. Servlets (oder JSP-Seiten) schreiben, diese werden vom Server ausgeführt und generieren die Seite dynamisch. Ähnelt stark PHP.