Moin,
allerdings ist StartSSL imho leider nicht im Java Truststore!
Mit der JRE unter Windows 7 kann es sein, das es trotzdem geht, da die JRE imho in der Defaulteinstellung auch die im System installierten Wurzelzertifikate berücksichtigt (da ist StartSSL drin). Unter Linux ist dies jedoch imho nicht der Fall.
Absolute Aussagen zum aktuellen Stand von StartSSL und Java kenne ich aber leider auch nicht. Allerdings ist der Preis in der Tat so heiß, dass man es evtl. einfach versuchen könnte.
(Ich würde aber vermuten: Win7: Applet geht, WebStart 50/50, Linux: Applet 50/50, Webstart nein)
Gruß,
Fancy