Also ich kann Deinen Gedankengängen gerade nicht folgen.
Hast Du eine Server <-> Client Struktur und möchtest einen zentralen Server haben, der dann anderen Systemen sagen kann, was diese tun sollen?
Oder hast Du mehr den Fall, dass Du einen Entwicklungsrechner hast. Diesen nutzt du um in Eclipse ein Java Programm zu schreiben, welches dann am Ende als jar Datei zu anderen Systemen geht um da dann ausgeführt zu werden?
Alles beides geht. Bei ersterem ist es aber eher unüblich, einen Java Client zu nutzen, da hier die Anforderungen zu komplex sind. Da sind native Applikationen (SCCM*, jamf PRO*, ...) oder gar reine scripts (Munki*) üblich. Der zweite Fall ist natürlich trivialer, aber Du hast da natürlich auf jedem System, auf dem du das jar ausführen willst, die Voraussetzung, dass Java installiert ist in einer passenden Version. Daher wäre da die Frage, wieso nicht einfach direkt ein Script verwendet wird....
Viele Grüße,
Konrad
*) Einfach ein paar Verwaltungs-Tools, die ich so kenne. SCCM ist von Microsoft und eine reine native Entwicklung, jamf PRO hat den java basierenden Server und native clients. Munki ist ein interessantes Open Source Produkt für Macs, welches Clientseitig nur Scripts hat und Server Seitig nur eine reine Dateistuktur benötigt) Davon aber bitte nicht verwirren lassen.