Scanner Problem

[flashdog]

Hallo,
Ich habe folgende Datei:

ORIGX1      1.000000  0.000000  0.000000        0.00000                         
ORIGX2      0.000000  1.000000  0.000000        0.00000                         
ORIGX3      0.000000  0.000000  1.000000        0.00000                         
SCALE1      0.006520  0.003760  0.000000        0.00000                         
SCALE2      0.000000  0.007530  0.000000        0.00000                         
SCALE3      0.000000  0.000000  0.012390        0.00000                         
ATOM      1  N   GLU A   2      54.812  39.404  32.654  1.00100.27           N  
ATOM      2  CA  GLU A   2      53.827  40.367  33.243  1.00100.89           C  
ATOM      3  C   GLU A   2      54.447  41.284  34.301  1.00100.89           C  
ATOM      4  O   GLU A   2      55.611  41.693  34.166  1.00100.89           O  
ATOM      5  CB  GLU A   2      52.547  39.680  33.729  1.00100.89           C  
ATOM      6  N   GLY A   3      53.662  41.640  35.325  1.00100.89           N

Ich möchte eine Zeile ausgeben die mit ATOM beginnt und CA beinhatet.

ATOM      2  CA  GLU A   2      53.827  40.367  33.243  1.00100.89           C

Ich habe folgendes Python Skript :

pdb = open("1D9Z.pdb", "r")
for line in pdb:
	if line[:4] == 'ATOM' and line[13:15] == "CA":
		print line

Wie würde dies in Java aussehen? Vielleicht ist es möglich findInLine und Scanner zuverwenden oder gibt etwas besseres?

Viele Grüße

 

[0x7F800000]

Ich gehe mal davon aus, dass bei dieser vorgehensweise auch bei den python-programmierern die augen rausfallen müssten... Wenn da irgendjemand auf die idee kommt, mal zur abwechslung vier leerzeichen durch ein tab zu ersetzen, oder einfach ein zeichen vergisst, ist dieses script ziemlich für den allerwertesten.

Das ist also äuserst unflexibler unsicherer ansatz, und in java (wie auch in vielen anderen sprachen) gibt's dafür zum glück schönere lösungen:

1) zeile einscannen
2) gegen das passende regex-pattern prüfen
-Falls es passt: weiterverwerten
-Falls es nicht passt: ignorieren.

Wenn es lediglich darum geht, die zeile zu findn, würde ich sowas wie

"ATOM\\p{Blank}+\\d+\\p{Blank}+CA\\p{Blank}+.*"

vorschlagen.

 

[flashdog]

1) zeile einscannen
2) gegen das passende regex-pattern prüfen
-Falls es passt: weiterverwerten
-Falls es nicht passt: ignorieren.

Wenn es lediglich darum geht, die zeile zu findn, würde ich sowas wie

"ATOM\\p{Blank}+\\d+\\p{Blank}+CA\\p{Blank}+.*"

vorschlagen.

Kann man für Schritt 1) Scanner verwenden?
Wenn im Schritt 2) die gefundene Zeile durch das Pattern "ATOM\\p{Blank}+\\d+\\p{Blank}+CA\\p{Blank}+.*" gefunden wurden wie kann man die ganze Zeile dann ausgeben?

 

[0x7F800000]

1) Ja, kannst auch einen scanner verwenden, aber der einfachere BufferedReader reicht hier auch bestens
2) Die zeile wird nicht mit dem regex gesucht, sondern nur gegen das muster geprüft. Wenn's passt, gibst du die zeile mit System.our.println aus, ansonsten halt nicht...

BufferedReader reader=new BufferedReader(new FileReader(myFile));
String line;
while((line=reader.readLine())!=null){
  if(line.matches("ATOM\\p{Blank}+\\d+\\p{Blank}+CA\\p{Blank}+.*")) System.out.println(line);
}

 

[flashdog]

Danke für den Code. Habe jetzt sogar vestanden wie man es mit Scanner macht, aber dein Code ist beinahe doppelt so schnell wie meiner.

import java.io.File;
import java.io.IOException;
import java.util.Scanner;

public class PDBTest2 {
	/**
	 * @param args
	 * @throws IOException 
	 */
	public static void main(String[] args) throws IOException {
		Scanner scn = new Scanner(new File("1D9Z.pdb"));
		while(scn.hasNext()){
			String line = scn.nextLine();
			if (line.matches("ATOM\\p{Blank}+\\d+\\p{Blank}+CA\\p{Blank}+.*"))
				System.out.println(line);
		}
	}
}

Warum ist mein Code langsamer als der Code von Andrey?

 

[SlaterB]

ein BufferedReader liest in einem Schritt gleich viele KBs an Daten,
ein Scanner vielleicht nicht unbedingt

versuche
Scanner(BufferedInputStream(FileInputStream))

 

[0x7F800000]

hmm, keine ahnung, ehrichgesagt... Die primitiveren Sachen sind halt manchmal einfach schneller.

 

[flashdog]

new Scanner(new BufferedInputStream(new FileInputStream("1D9Z.pdb")));

ist nicht wirklich schneller.

Ist es möglich Scanner mit java.nio zu verbinden?

 

[0x7F800000]

ne, das ist nix womit man auf dateien zugreifen könnte (oder sollte), dieses package ist um Client-Anwendungen zu basteln.
Und wie gesagt, nimm doch den allereinfachsten BufferedReader und baue nicht so viel drumherum...