Und wenn du einen MouseListener am JTree hast, der z.B. Doppelklicks verarbeitet, musst du dort auch die Aktivität des geklickten Knotens prüfen. Gleiches gilt natürlich für KeyListener und allgemein für all die von dir hinzugefügte Ereignisbehandlung.
Vielleicht ergibt sich das meiste auch schon von selbst, wenn du, wie Michael... schon erwähnt hat, es über das Selektionsmodell schaffst, dass ein inaktiver Knoten gar nicht mehr selektierbar ist.