Hallo an alle=)
Ich bin wirklich ein absoluter Java-Neuling. Wahrscheinlich habe ich kein Plan von Nichts.
Für ein Projekt an meiner Arbeitsstelle würde sich allerdings ein kleines Skript wirklich gut eignen.
Zum Problem. Wir benutzen auf Arbeit eine Software, die mit Hilfe einer Datei (z.b. "sequence_1") bestimmte Datenreihen generiert. Diese Datei heißt zwar immer gleich (+Pfad immer identisch), die Informationen innerhalb varrieren aber immer.
Die generierten Datenreihen werden mit Hilfe der Software zusammengefasst und an Pfad C:\... in einer einzelnen Datei (z.b. Blast_01) abgespeichert. Jeder der in der Datei Blast_01 enthaltenen Datenreihen kann dabei manuell eine Bezeichnung beigefügt werden. Eine manuelle Bereichnung ist aber aus bestimmten Gründen nicht wirklich effizient. Die Entwickler der Software haben deswegen die Möglichkeit eingefügt, die Bezeichnung der Datenreihen mit Hilfe eines Java-Skripts zu erstellen.
Beim Öffnen des Skript Editors wird mir folgendes Angezeigt:
var result_name; // Annotate as
var sequence; // Sequence
diese Zeilen sind nicht veränderbar:
In einem Fenster weiter unten kann ich selber schreiben, zum Beispiel....
Dieses Skript bezeichnete meine Datenreihen logischerweise als "Datenreihe_140121".
Allerdings brauchen wir eine Art "dynamische Beschriftung". Sie muss mit einer Information aus der ersten Datei "sequence_01" übereinstimmen.
Wenn ich diese Datei im Windows Editor öffne erhalte ich folgendes:
LOCUS RSVTF2 25 bp 21-JAN-2014
UNIMARK RSVTF2
ORIGIN
1 GTATAGCATT CATAGGTGAA GGAGC
//
Die "Bezeichnung" LOCUS oder UNIMARK sind immer vorhanden, aber das dahinter ändert sich.
Ich bräuchte für die Bezeichnung meiner Datenreihe die Information die hinter LOCUS (also RSVTF2) steht...beispielsweise
Könntet ihr mir helfen?=)
Hab mich schon durch sämtliche Foren geklickt und ewig probiert;(
Viele Grüße
Richi
P.S.: Absolut super wäre dann noch, wenn man hinter dem Namen noch das Datum einfügen könnte...
(Jahr/Monat/Tag ... 140121)
Ich bin wirklich ein absoluter Java-Neuling. Wahrscheinlich habe ich kein Plan von Nichts.
Für ein Projekt an meiner Arbeitsstelle würde sich allerdings ein kleines Skript wirklich gut eignen.
Zum Problem. Wir benutzen auf Arbeit eine Software, die mit Hilfe einer Datei (z.b. "sequence_1") bestimmte Datenreihen generiert. Diese Datei heißt zwar immer gleich (+Pfad immer identisch), die Informationen innerhalb varrieren aber immer.
Die generierten Datenreihen werden mit Hilfe der Software zusammengefasst und an Pfad C:\... in einer einzelnen Datei (z.b. Blast_01) abgespeichert. Jeder der in der Datei Blast_01 enthaltenen Datenreihen kann dabei manuell eine Bezeichnung beigefügt werden. Eine manuelle Bereichnung ist aber aus bestimmten Gründen nicht wirklich effizient. Die Entwickler der Software haben deswegen die Möglichkeit eingefügt, die Bezeichnung der Datenreihen mit Hilfe eines Java-Skripts zu erstellen.
Beim Öffnen des Skript Editors wird mir folgendes Angezeigt:
var result_name; // Annotate as
var sequence; // Sequence
diese Zeilen sind nicht veränderbar:
In einem Fenster weiter unten kann ich selber schreiben, zum Beispiel....
Java:
var result_name;
result_name = "Datenreihe_140121"
// Anotate asDieses Skript bezeichnete meine Datenreihen logischerweise als "Datenreihe_140121".
Allerdings brauchen wir eine Art "dynamische Beschriftung". Sie muss mit einer Information aus der ersten Datei "sequence_01" übereinstimmen.
Wenn ich diese Datei im Windows Editor öffne erhalte ich folgendes:
LOCUS RSVTF2 25 bp 21-JAN-2014
UNIMARK RSVTF2
ORIGIN
1 GTATAGCATT CATAGGTGAA GGAGC
//
Die "Bezeichnung" LOCUS oder UNIMARK sind immer vorhanden, aber das dahinter ändert sich.
Ich bräuchte für die Bezeichnung meiner Datenreihe die Information die hinter LOCUS (also RSVTF2) steht...beispielsweise
Könntet ihr mir helfen?=)
Hab mich schon durch sämtliche Foren geklickt und ewig probiert;(
Viele Grüße
Richi
P.S.: Absolut super wäre dann noch, wenn man hinter dem Namen noch das Datum einfügen könnte...
(Jahr/Monat/Tag ... 140121)
Zuletzt bearbeitet:
