Wenn du deine Menüeinträge per Command Framework eingeklinkt hast, dann kannst du deren Sichtbarkeit/Enablement von der aktuellen Perspektive abhängig machen (Property Test).
Würde ich mir allerdings gut überlegen da ein Eclipse ein Perspektivenwechsel normalerweise nur die Toolbar und Views verändert, nicht die verfügbaren Actions. Schlecht wenn man den Anwender überrascht.