Kommentar und Dokumentation haben unterschiedliche Einsatzgebiete, dementsprechend kann man beide benutzen:
Kommentare sind für Entwickler gedacht, die den Quellcode direkt vor sich haben, und den Quellcode verstehen wollen. Hier beschreibt man Details die den normalen Benutzer nicht interessieren würden, z.B. wieso man an innerhalb der Methode x eine LinkedList und keine ArrayList gewählt hat, wieso die komische Bitoperation an Stelle y tatsächlich funktioniert, ...
Dokumentation hingegen ist für diejenigen gedacht, die deine Klassen benutzen möchten. Sie gibt den grossen Überblick, erklärt welche Parameter eine Methode benötigt, für welchen Zweck eine Klasse gedacht ist, auf was man bei der Implementation eines Interfaces achten sollte...