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So, das ganze lag wohl dran, dass der Thread nicht "schnell" genug war, und der Thread vom Button während dem starten des Treads mehrere Male über die Zelle gelaufen ist. Ich habe ein thread.join() hinter thread.start() gelegt,  ie nummern werden jetzt im Logikbereich auch korrekt eingetragen, allerdings hängt sich das Frame trotzdem auf. Kann es sein, dass die repaint-Methode des Frames den selben Thread verwendet, wie der start-Button, sodass die endlosschleife das repaint blockiert? Wenn ich gui.repaint() ans ende des Threads schreibe, ändert sich nichts.