Ja, du hast Recht, damit müsste es gehen. Folgende Einstellung in der persistence.xml sollte funktionieren.
Code:
<properties>
<property name="eclipselink.ddl-generation" value="drop-and-create-tables"/>
</properties>
Nur leider ist GlassFish v3 noch so buggy, dass es schon beim Deployment eine Exception gibt, so dass ich es gar nicht ausprobieren konnte.