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Entweder du benutzt ein Build-Tool, dann hat sich die Sache erledigt oder du pushed dein komplettes Projekt. Die Pfade zu den Libraries stehen in der Datei ".classpath" drinnen. Diese Datei musst du auch pushen.
ich gebe JavaMeister recht, die Libraries sollte man wenn möglich nicht mit pushen. Wenn man sich zb. Maven bedient, dann erledigt sich das von selbst und ist auch sauberer