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Das args ist ein Argument von der main Methode und dient nur zur Übergabe von Parametern beim Start. Das hat nichts mit User-Eingaben zu tun.
Und die Exception zeigt, dass Du versuchst auf Parameter zuzugreifen aber es wurden beim Aufruf des Programmes keine Parameter angegeben.
(=> Beim Zugriff sollte immer vorher geprüft werden, dass die Elemente da sind!)
Eingaben vom User könnten über System.in erfolgen. Das ist ein InputStream, von dem Du lesen kannst. Es gibt auch weitere Klassen wie z.B. den Scanner, um einfacher Eingaben abzufragen.