Ich habe in NetBeans 4.0 keine Compiler-Konfiguration finden können, das wird alles über ein Build für Ant gemanaged.
Die Anwendung bzw. die Bytecode-Erzeugung unterscheidet sich aber nicht zu den früheren NetBeans-Versionen.
Allerdings ist das Programm jetzt mehr projektorientiert und Du musst, um Bytecode-Dateien zu erzeugen, die Klasse einem Projekt zuordnen.