Tjo das kann mehrere Gründe haben, allerdings wäre es gut zu wissen, was da inwiefern nicht geht, also:
Was soll passieren, was passiert stattdessen?
[TIPP]
Die paintComponent wird sehr oft gerufen, viele Events zünden das Neuzeichnen, wenn du einfach ein syso in die Methode packst, dann siehst du auch wie oft das wirklich ist.
[/TIPP]
Was EikeB meint ist, dass man normalerweise eine Model hat, welches die Daten (in deinem Fall die Koordinaten hält) und dann, nach der Änderung die paintComponent Methode den aktuellen Zustand nur noch darstellt, ohne diesen zu verändern.