Ein anderer Use-Case sind eben CLI (Command-Line-Interface) Programme:
Du willst, dass das Programm eine bestimmte Funktionalität ausführt und rufst es nicht per GUI auf, sondern eben per Kommandozeile.
Hier brauchst du dir nur _jedes_ Linux Kommandozeilen Tool anschauen (ls, cp, mv, zip, tar, more, less, ...). Alle diese Tools bekommen Kommandozeilenargumente, um z.B. Pfade zu Dateien anzugeben, auf denen sie arbeiten sollen. Solche Tools kannst du ja theoretisch auch per Java bauen (gut, musst sie halt mit `java -jar tool.jar <cmd-args>` aufrufen).