Bei
[code=Java]
public boolean isAutoReconnectEnabled() {
return autoReconnect;
}
[/code]
könnte es Probleme geben 
Probiere dort mal
[code=Java]
public boolean isAutoReconnect() {
return autoReconnect;
}
[/code]
Ansonsten sollte das aber gehen:
[code=Java]
XMLEncoder xmlEnc = new XMLEncoder(new BufferedOutputStream(fos));
Settings s = new Settings();
s.setAutoReconnect(false);
s.setMainFrameMode("hallo mainframe");
s.setStartingUpWithOS(true);
xmlEnc.writeObject(s);
xmlEnc.close();
[/code]
-->
[xml]
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<java version="1.6.0_24" class="java.beans.XMLDecoder">
<object class="Settings">
<void property="autoReconnect">
<boolean>false</boolean>
</void>
<void property="mainFrameMode">
<string>hallo mainframe</string>
</void>
<void property="startingUpWithOS">
<boolean>true</boolean>
</void>
</object>
</java>
[/xml]