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Danke für eure Hilfe, habe den Fehler nun selbst gefunden, welcher an einer anderen Stelle war.

Ich habe in der Container-Klasse die Panels erstellt, welche verschoben werden konnten.

Allerdings erstellte ich diese dummerweise bei einem Repaint immer neu und somit wurde die Position wieder zurückgesetzt.

Mit dem MouseDragged Event vom MouseMotionListener ist das problem einfach zu lösen.