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grundsätzlich : du kannst aus dem gerade aktiven JAR nur lesen ... aber nicht hinein schreiben

zusätzlich : man kann NICHT mit File() auf daten in einem jar zugreifen .. dafür gibt es ClassLoader.getResource() und ClassLoader.getResourceAsStream() ...

und ja : es ist besser in user.home zu schreiben ... denn hier hat man defintiv schreibrechte ...

wenn deine app also wo anders "installiert" ist kann es zu zugriffs-fehlern kommen ... und wenn man die nicht abfängt oder dafür sorgt das sie nicht mehr auftreten funktioniert es halt nicht