Anscheinend hat noch nie jemand auf einem Windows Embedded Rechner Java Programme laufen lassen.
Wenn die Frage wäre: "Ist es möglich Java auf Windows Embedded laufen zu lassen?" Dann wäre die Antwort: JA - Hier.
Aber was willst du eigentlich erfassen? Hast du Sensoren, die Daten für dich aufzeichnen oder händische Eingabe?
Wenn deine Sensoren oder Peripherie eine Java-Library haben, dann bleib bei Java.
Wenn du deine eigene Library schon hast, dann bleib bei Java.
Haben deine Sensoren keine Library, sondern müssen über COM-Port/USB/etc. eingelesen werden, dann empfiehlt sich eine andere Sprache (obwohl es auch die Libraries für Java gibt, aber mehr oder weniger gut funktionieren).
Wenn du die Daten händisch einliest, dann bleib bei Java.
Hoffe das beantwortet jetzt deine vage Frage.