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Oh ja..da hast du recht. Du kannst die svn-Properties auch z.B: über Tortoise Repository Browser direkt im SVN eintragen, aber ach dann zickt Eclipse hin und wieder rum.

Tortoise Repository Browser starten und die svn:ignore dort hinzufügen, dann in Eclipse update machen und beten.

Ich mach's mittlerweile so das ich die Datein die ich nicht committen will (.classpath, .project, target, ..) in die Ignored Resources pack.

Eclipse - Preferences - Team - Ignored Resources