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Welche IDE verwendest du? Unter Eclipse mach ich ab und an mal ein "clean" auf dem Projekt, wenn ich der Meinung bin, irgendwass ist komisch...

Was ich noch nicht verstehe: Wie initialisierst du die UI? Deine ComboBox speziell. definierst du das in einer .fxml-Datei, oder alles im Code? Wenn du erstes machst, dann im Zweifelsfall eher mit ComboBox#setItems(ObservableList) eine leere Liste setzen (siehe Klasse "FXCollections"), als ein "new"...

Nur meine Meinung...