Hypersql ist eine embedded db für java, die schön schnell ist, die würde sich denk ich eigenen. und da pure java auch auf jedem pc mit jvm lauffähig.
Ohne garantie, aber ich gehe davon aus, dass die db deutlich geeigneter ist, da dort wesentlich intelligentere algorithmen für die optimierung vom lesen und schreiben arbeiten, als du sie mal eben erfinden kannst.
(Soweit ichw eiß kann hsql hybride tabellen, die teilweise innen memory gecacht sind und teilweise auf ner file, um die interne verwaltung kümmert der sich selber. -> Oft benötigte sätze liegen im ram, selten benötigte werden nachgelese)
Wenn du blockdaten brachst un entsprechen den query so formulierst dass der dir nicht nur einen Wert, sondern gleich einige tausend bringt, kann die db auch festplattenzugriffsmuster optimieren ect.
Das ganze sähe dann so aus
-> alles inserten.
Select * from Werte where x<blockendex AND x>blockstartx AND y<blockendey AND y > blockstarty;
(Wenn das als prepared STatement gemacht wird, kann man auch den parsingoverhead auf 1 einzigen aprse vorgang optimieren)
Allgemein kann es soeiso nicht schaden wenn du mit Datenbanken arbeiten kannst, zumindest auf basisebene, da die dir noch oft im leben begegnen werden.