Kurz: Es gibt keine "Schritt für Schritt"-Anleitung. Viele deiner aufgezählten Punkte sind trivial (ja klar, legt man am Ende des Tages Klassen und Methoden und Variablen an - was anderes geht ja auch nicht, und das ist ja auch notwendig).
Das viel wichtigere ist aber, wie man diese Dinge strukturiert und miteinander verbindet.
Und hier gibt es kein "Mache erst das und dann das und dann hast du ein fertiges, gut entwickeltes Programm".
Es gibt Prinzipien, die man befolgen kann und sollte, wie etwa die schon häufig zitierten S.O.L.I.D. Prinzipien: https://en.wikipedia.org/wiki/SOLID
Software Engineering ist zum großen Teil ein intellektueller und kreativer Prozess und kein Rezept.
Und es fällt sogar sehr vielen erfahrenen Senior-Entwicklern immer wieder schwer, gute Prinzipien zu verstehen und zu befolgen und vor allem zu erkennen, wann ein Prinzip befolgt und wann verletzt wird.
Denn: Jede Software ist ein lebendiges Konstrukt, welches an sie gestellte und im realen Leben sich ständig wandelnde Anforderungen erfüllen soll. Und das auch in einem Umfeld, welches sich ständig weiterentwickelt. Deswegen ist Software Engineering insgesamt auch so schwierig: Alles entwickelt sich weiter, Anforderungen kommen hinzu und ändern sich, so dass es sehr schwer ist, die Struktur eines Programmes (außer für äußerst triviale Beispiele) von vornherein "richtig" zu machen.
