Erstmal danke für deine Antwort!
Ich habe meine Code jetzt verbessert, sodass er richtige Ergebnisse ausgibt, bin mir aber nicht sicher ob du das meintest 
Hier ist jetzt die verbesserte Methode um um die Z-Achse zu drehen.
[code=Java] /**
*
* @param vectorList
* @param angle
* @return
*/
public static Vector<Vector3D> rotateVectorZ(Vector<Vector3D> vectorList, double angle) {
Vector<Vector3D> newVectorList = new Vector<Vector3D>();
angle = Math.toRadians(angle);
for(int i = 0; i < vectorList.size(); i++) {
Vector3D currentVec = vectorList.get(i);
double newX1 = (Math.cos(angle) * currentVec.getX1()) - (Math.sin(angle) * currentVec.getX2());
double newX2 = (Math.sin(angle) * currentVec.getX1()) + (Math.cos(angle) * currentVec.getX2());
double newX3 = currentVec.getX3();
newVectorList.add(new Vector3D(newX1, newX2, newX3, currentVec.getName()));
}
return newVectorList;
}[/code]
Die Berechnungen klappen also, jetzt bräuchte ich doch eigentlich nur noch eine gute Idee wie ich das auf den Bildschirm bringe oder nicht?
Ich kenne mich mit Java 2D aus, also brauche ich keine Hilfe in der Richtung, sondern eher die Idee wie ich eine 3. Dimension darstellen kann? Oder ratet ihr mir eher dazu zuerst die Variante von vorne zu programmieren?
Danke nochmal!
EDIT: Diese Seite hat mir übrigens sehr geholfen, falls es jemanden interessiert :rtfm: