So wird es auch von Gradle standardmäßig gehandhabt (wenn man das nicht umpfuscht).Üblich sind z.B. src/main/java und src/test/java.
Das ist auch in Ordnung. Du kannst ein Verzeichnis wie Test-src oder so anlegen und das entsprechend al Source Verzeichnis für Tests markieren.bin über eclipse nicht rausgekommen und eigentlich auch ganz zufrieden damit ^^