das kannst du auch mti dem BufferedReaderAnonymous hat gesagt.:Es gibt nen LineNumberReader, mit dem du ne Datei zeilenweise lesen kannst. Dabei werden die Betriebssystem-eigenen Zeilenumbrüche verwendet.
Damit kannst du zumindest schonmal Zeile für Zeile durch die Datei gehen und musst nicht manuell die Zeilenenden suchen.