Ich kann nur raten, da du dich immer noch sehr vage ausdrückst, das du versuchst in JRE Klassen zu debuggen (wegen der Source not found Meldung).
Diese Meldung bedeuted lediglich das du Eclipse den Pfad zu den Java Sourcen nicht angegeben hast, und er daher auch nicht die aktuell auszuführende Zeile anzeigen an.