Wenn Du das File gleichzeitig auf Syntax checken willst, dann würde ich Dir JavaCC (Java Compiler Compiler) vorschlagen. Damit kannst Du Dir einen eigenen Parser als Java Quellcode generieren lassen. Allerdings mußt Du hierfür eine Grammatik der Assembler Sprache definieren. Wenn dich dass nicht abschreckt bekommst Du einen relativ komfortablen Quellcode generiert, der symbolische Konstanten liefert. Diese kannst Du leicht in einem switch case Konstrukt weiterverarbeiten, d.h. die entsprechenden HexCodes zuordnen.
Ob Du allerdings direkt mit Java über die serielle Schnittstelle kommunizieren kannst, ohne die Plattformunabhängigkeit zu verlieren, bezweifle ich.