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Ich glaube, ich habe mich unverständlich ausgedrückt.
Nehmen wir an, ich habe eine Hauptklasse, die bei bestimmten Ereignissen auf die Unterklasse zugreift und ihre Methode ausführt. Ich muss doch jetzt meiner Hauptklasse was von der Existenz meiner Unterklasse, die in einer anderen Datei gespichert doch erzählen. Ich weiss leider nicht, wie ich meiner Hauptklasse sagen soll, wo die Unterklasse ist und wie sie auf die Unterklasse zugreifen soll.
Falls du das Programm exportieren willst, solltest du ebenfalls im Ordner META-INF im jar-File in der dortigen Datei MANIFEST.MF den Eintrag Class-Path: DEIN-JAR-FILE hinzufügen.
Ansonsten eben, falls du mit Eclipse arbeitest, auf dein Projekt mit Rechts klicken->Properties und dort gibt es dann bei Java Build Path "Add External Jar".