OutOfMemoryError: Java heap space

[sim26]

Hallo alle java-forum,

habe folgende Probleme:

ich arbeite mit Biojava, wollte ich die length von meinem Sequence (Sie ist von 9 000 000 Buchstaben) wissen und das danach das ganz Sequence schreiben können.

Habe ein String definiert,

String sequence0;
Sequence mysequencedatenbank = sequences.nextSequence();
System.out.println(mysequencedatenbank.length());

// meine Programme rechnet die ganz Sequence ohne Probleme und auch richtig, wenn ich verlange von ihm mein sequence zu schreiben, macht er das von 1 bis 4 000 000 ohne Probleme

System.out.println(mysequencedatenbank.subStr(1,4000000));

Wenn ich will das ganz sequence schreiben

System.out.println(mysequencedatenbank.subStr(1,mysequencedatenbank.length()));

dann kommt die Fehler Meldung:

Exception in thread "AWT-EventQueue-0" java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space

Kann jemand mich helfen, habe probiert aber

 

[bygones]

frage mich immer noch ob biojava genauso mies ist wie noch vor 5 Jahren

du kannst den Speicher der VM per parameter -Xmx 256M bzw -Xms 256M erhöhen und dann das ganze erneut laufen lassen und schaun ob nun genügend Speicher vorhanden ist. (256 ist natürlich dann durch die von dir benötigte Zahl zu ersetzen)

 

[mikachu]

und wie kriegt man in der laufzeit raus, wieviel platz noch im heap ist? ???:L

mit einer Runtime-instanz ?

 

[Murray]

und wie kriegt man in der laufzeit raus, wieviel platz noch im heap ist? ???:L

mit einer Runtime-instanz ?

Ja: java.lang.Runtime#freeMemory

Aber: das funktioniert nicht unbedingt, wie man es erwartet. Es gibt drei Werte
totalMemory: der gerade von der der VM allokierte Speicher; liegt irgendwo zwischen dem Initialwert und maxMemory
freeMemory: der freie Anteil von totalMemory
maxMemory: das ist das Maximum, was die VM bekommen kann (hängt vom -Xmx-Wert ab)

Also: freeMemory gibt nur den freien Anteil des aktuell allokierten Speichers an. Das bedeutet nicht, dass nicht weiterer Speicher zur Verfügung steht. Wenn man wissen will, wieviel Speicher noch verbraucht werden kann, bevor es zu einem OutOfMemoryError kommt, muss man wohl rechnen:
freeMemory + (maxMemory-totalMemory)

 

[sim26]

Hi alle,

zuerst danke für die schnelle antworten, also habe so gemacht ein package geschrieben die zu mir sagt die zustand von memory aussieht, dann habe ich das in mein Programme drin gemacht,



package freememory;


import java.awt.FlowLayout;
import javax.swing.JFrame;
import javax.swing.JTextArea;
import javax.swing.border.BevelBorder;
import javax.swing.border.Border;

public class FreeMemory {

public FreeMemory(){




long total=Runtime.getRuntime().totalMemory();
long free=Runtime.getRuntime().freeMemory();
long max=Runtime.getRuntime().maxMemory();

System.out.println("Total memory :" +total);
System.out.println("Free memory :" +free);
System.out.println("Max memory :" +max);
System.out.println("used :" +(total-free));
System.out.println("Laufzeit :" +(free+(max-total)));

}

public static void main(String[] args) {

new FreeMemory();
}

}

die Ergebnisse sind folgendes:

Total memory: 2031616
Free memory: 1027288
Max memory: 66650112
Used:1004328
Laufzeit: 65645784

Dann habe ich versucht wie deathbyaclown zu mir geschrieben hast,
„
du kannst den Speicher der VM per Parameter -Xmx 256M bzw -Xms 256M erhöhen und dann das ganze erneut laufen lassen und schauen ob nun genügend Speicher vorhanden ist. (256 ist natürlich dann durch die von dir benötigte Zahl zu ersetzen)“

habe dann folgendes gemacht:

1- Eingabeaufforderung aufgemacht
2- Denn befehl geschrieben: java –Mmx100M

Aber ist nix passiert, ich glaube ich mache Quatsch oder???????????????

 

[mikachu]

package freememory;


import java.awt.FlowLayout;
import javax.swing.JFrame;
import javax.swing.JTextArea;
import javax.swing.border.BevelBorder;
import javax.swing.border.Border;

public class FreeMemory {

    public FreeMemory()
    {
        long total=Runtime.getRuntime().totalMemory();
        long free=Runtime.getRuntime().freeMemory();
        long max=Runtime.getRuntime().maxMemory();

        System.out.println("Total memory :" +total);
        System.out.println("Free memory :" +free);
        System.out.println("Max memory :" +max);
        System.out.println("used :" +(total-free));
        System.out.println("Laufzeit :" +(free+(max-total)));
    }

    public static void main(String[] args)
    {
        new FreeMemory();
    }
}

...sieht übersichtlicher aus

 

[sim26]

Also jetzt sieht so aus habe weiter probiert mit Eingabeaufforderung dann hat super gut geklappt.

Habe einfach Java –Xmx100M gemacht.

So nächste Probleme habe ich jetzt in meinem Eklipse(-SDK-3.1.2) Konsole werden die Ergebnisse einfach so verschwunden