Hier stellt sich mir die Frage, was Du genau erreichen willst.
Generell kannst Du Installer mit den üblichen Tools bauen. Also Windows Installer kannst Du auch weiterhin mit AKInstaller bauen. Der Inhalt ändert sich dann halt nur etwas, aber generell macht der Installer immer noch das Gleiche: Dateien Kopieren, Scripte ausführen, Registry Einträge setzen und dann die schönen Shortcuts für Menü und Desktop.
Bei einem Mac ist es üblich, ein DMG zu bauen, in dem man nur dass App Image hat. Linux ist nicht einheitlich - da wäre rpm, deb und co. Da kann man evtl. die neuen Formate wie Flatpak ansehen ....
Was du aber ggf. noch möchtest, ist der bau eines Executables. Bei Windows willst Du evt. eine EXE haben. Beim Mac ein App Image und bei Linux ein Binary oder so ....
Da gibt es eine Menge an Tools. Ich kopiere einfach mal fleissig meine Favoriten davon:
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http://www.jar2exe.com/features (kommerziell), erzeugt Binaries für Windows, Mac und Linux.
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http://launch4j.sourceforge.net/ Open Source aber wohl nur Windows Binaries
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https://github.com/crotwell/gradle-macappbundle/wiki/Intro Open Source - Erzeugt Mac AppBundles
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https://github.com/Jorl17/jar2app - Open Source - Mac AppBundles
Das war dann sogar schon - Google wird da aber bestimmt noch deutlich mehr liefern ...