Also zum Versionieren benutzt am besten ein Werkzeug, was auch dazu gedacht ist. Da wäre z.B. Git eine Möglichkeit.
Grundsätzlich hat auch Eclipse eine lokale Versionierung, die geht aber meines Wissens nach weg, sobald man Eclipse schließt.
Das Kompilieren zu bestimmten Zeiten macht in meinen Augen keinen Sinn. Du kannst aber in Eclipse unter "Project/Build Automatically" das automatische Compilieren bei jedem Speichern unterbinden und das manuell kompilieren.